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B@SIC Software

Les applications informatiques développées par l'équipe B@SIC sont répertoriés ci-dessous.

    

OxyGene   Plateforme d'annotation et d'analyse de la réponse au stress oxydant des génomes bactériens séquencés.     David Thybert, Stéphane Avner, Céline Lucchetti-Miganeh, Angélique Chéron, Frédérique Barloy-Hubler.

OxyGene est une plateforme innovante qui permet l'exploration et l'analyse comparative des subsystèmes du stress oxydatif dans les génomes prokaryotes séquencés. OxyGene intègre une database d'annotation originale, appelée OxyDB, qui conserve des signatures testées de manière exhaustive, ainsi qu'une nouvelle ontologie pour la détection ab initio des gènes de réponse aux ROS/RNS. Les données peuvent être téléchargées et visualisées à travers une interface graphique intuitive.

    Liens

          Vers l'Article.

          Vers le site hébergeant l'application.

          Vers le Guide Utilisateur (pdf);

          Vers l'ontologie.

          Contacts.

       

    Notes

        OxyGene fonctionne sous Windows, Linux, MacOS X.

        OxyGene nécessite l'installation sur votre machine de Java JRE 5.0 ou supérieur.

        OxyGene doit pouvoir être connecté à notre serveur en utilisant le port 8383. Veuillez vérifier que votre pare-feu le permet.

 
 

TanTale   Toxin-Antitoxin Tale.      Emeric Sevin, Frédérique Barloy-Hubler.

   En cours de développement. Une version prédédente existe sous l'appellation :

  RASTA-Bacteria

  Rapid Automatic Scan for Toxins and Antitoxins in Bacteria.

    Liens

          Vers l'article publié dans Genome Biol. 2007.

          Vers le site hébergeant l'application.

           Contacts.