OxyGene
Introduction
OxyGene est une application client-server, où le serveur est installé à la plateforme bioinformatique OUEST-genopole, conservant toutes les données génomiques précomputées, tandis que le Client OxyGene ou l'IHM est une application Java qui communique avec le serveur à travers des web-services. Le Client OxyGene doit être téléchargé sur votre ordinateur.
OxyGene nécessite Java JRE 5 (ou une version plus récente). S'il n'est pas encore installé sur votre machine, Java JRE 5 peut être téléchargé à l'adresse suivante:
http://java.sun.com/javase/downloads/index_jdk5.jsp
Téléchargement
Le répertoire de l'application peut être téléchargé sous forme de fichier d'archive
OxyGene.zip
ou
OxyGene.tar.gz.
Téléchargez le guide utilisateur en anglais ici : User Guide.
Information supplémentaire : accédez à l'ontologie ici : OxyDB Ontology.
Installation & lancement de l'application
Une fois qu'OxyGene a été téléchargé, désarchivez OxyGene.zip ou OxyGene.tar.gz en double-cliquant dessus, ou en entrant sous Linux:
tar -xzvf OxyGene.tar.gz
Un répertoire OxyGene/ devrait apparaître. Pour lancer OxyGene, quelque soit la plateforme, aller dans le répertoire OxyGene/ puis :
- Sous Windows, simplement double-cliquez sur le fichier : OxyGene.bat
- Sous Mac OS X, double-cliquez sur le fichier : OxyGene.command
- Sous Linux, double-cliquez sur le fichier : OxyGene.sh ou dans une fenêtre Terminal, entrez : ./OxyGene
En fonction des requêtes soumises, le Client OxyGene peut nécessiter de grandes quantités de mémoire. Par défaut, ceci est pris en compte dans les fichiers sus-cités. Toutefois, si votre ordinateur a moins d'1Go de RAM, veuillez remplacer l'option -Xmx1g dans le fichier correspondant ci-dessus par –Xmx128m, –Xmx256m ou –Xmx512m selon la RAM disponible de votre système.
Note: OxyGene nécessite une connexion vers notre serveur en utilisant le port 8383. Veuillez vérifier que votre pare-feu le permet.
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